兜兜转转，三年的折腾，终究是要画上一个句话。两地飞行，让我硬生生成了“尊贵”的vip。一十四年，两个七年。我们熬过了第一个，熬不过第二个。我本来就不是一个喜欢有变化的人。甚至...
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随笔 | 时间到了，也是时候了。
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【比较基因组】共线性分析（WGDI）如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
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ROGUE计算cell cluster的纯度
前言 近期，张泽民教授团队开发了一种在cell cluster里面计算纯度的算法ROGUE，什么意思呢？经过传统的降维方式（t-SNE，UMAP）降维聚类后的cell clu...
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DESeq双因素差异分析单因素差异分析 对于DESeq来说，常用的单因素的差异分析已经比较多了， 一般来说，对于基因的表达矩阵，放在前面的为对照组，后面的为处理组，所以结果为后面的比较前面的并且对于...
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玉米转录组的KEGG和GO富集分析1.GO富集 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb[htt...
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好好学！这技术值一篇Plant physiology！今天看到Plant physiology在线发表了一篇文章。 In this study, we developed a software package, named Gr...
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等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理
在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？ 这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！多...
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暂别简书，后会有期
我不是老师，也不是大神，更不是前辈。我只是个普通的科研工作者，一个只想努力变得更好的人。 来到简书快3年了，期间写了不少的笔记。很多的笔记是在疫情严重时wfh的时候写的。至今...
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动态交互！感兴趣的基因标记在 KEGG Pathway 通路图上写在前面 近期辅助课题组成员做一些上游数据分析，于是跑了前面搭建的流程并准备了系列分析结果文件，大体如下： 在其中「差异表达分析」的文件夹中，有系列文件，包括 KEGG Pa...
