上次讲到sRNA数据如何去接头，那么接下来的常规操作是什么？ 一、去冗余（collapse）--- 用于比对的数据是否需要去冗余 作用：将相同reads合并，记录相同read...
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小RNA数据分析-第二步 -
小RNA数据用什么软件去除接头小RNA测序产生的序列长度为35nt，而sRNA序列长度是18~30nt,所以测序得到的序列上有一段3’接头序列。 以下为预测小RNA数据接头并去除的几种方法： 1、用Mus...
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hic分析之 hic-pro 介绍与安装
一、hic-pro是什么，参考网页： [GitHub] https://github.com/nservant/HiC-Pro[DOCUMENTATION] http://n...
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hic分析之分步工作原理参考之前的文章 hic分析之 hic-pro 介绍与安装 分步工作原理： 先看test文件 再看看opt文件 工作原理介绍： 1.Reads Mapping 将fastq文...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
软件安装 官方提供了编译好的jar包，方便使用 如果要顺利运行程序，要求JAVA > 1.7, 以及根据基因组大小而定的内存，一般而言是1M大小的基因对应1GB的内存。 总览...
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使用purge_haplogs处理基因组杂合区域FALCON和Canu的组装后会得到一个单倍型融合的基因组，用来表示二倍体基因组。之后，FALCON Unzip和Supernova这类软件进一步处理其中等位基因区域，将这部...
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全基因组关联分析（GWAS）-基本分析内容1、GWAS 流程 image.png数据质控• 1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，样本量较大的群体中，可以将缺失率小于50%的位点都保留；• ...
