基因类型鉴定 基因组的组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread软件提取对应的gene的cds，pep序列。应运而生，下游的生信或者实验想知道关注...
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「基因组」基因组分析之鉴定基因类型 -
如何用WGDI进行共线性分析(中)
Ks可视化 我们在上一篇如何用WGDI进行共线性分析(一)[http://xuzhougeng.top/archives/comparative-genome-analysi...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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有关富集分析各种表和图怎么看的问题富集分析可以绘制很多不同的图形和两种结果表 一、两种结果表 1、GO富集分析结果以及表头各列的含义如下： 1）ONTOLOGY：表示GO分类的种类，通常有三个主要的类别： ①...
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比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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基因组去冗余（一）
去冗余 一般我们在组装简单的基因组的时候是不需要去冗余的，像龙眼、花椰菜、木瓜等都属于简单基因组，组装出来就可以进行下一步了，但是有些基因组是有重复的，甚至是高重复的基因组，...
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教程 | 使用 CPGAVAS2 进行叶绿体基因组注释写在前面 前述，介绍了使用 GetOrganelle 软件进行植物叶绿体基因组组装。测试了下软件，130个样品，直接成环的有76个。手动调整了参数，除了 10 个左右的样品外...
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利用Geneious对叶绿体基因组进行注释及查看使用软件：Geneious目的：对组装好的叶绿体基因组进行注释，注释好后进行查看，无误后绘制圈图 【注释部分】 1.首先从NCBI上下载一段与要注释的物种（目标序列）同源的物...
