距离上一次写博客，已经是上一次了。 之前已经有生信菜鸟团前辈写过关于Treemix的分析，但值得关注的是，现在的软件大部分都只适用于二倍体，那今天介绍一下四倍体怎么进行Tre...
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【群体遗传】Treemix四倍体分析 & 最优m值选择 -
重测序分析（15）GWAS分析实操（1）gwas_emmax介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析，软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqmanCMplot 数据准备 vcf文件：all_snp.vc...
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重测序分析（18）GWAS分析实操（4）gwas_tassel_mlm混合线性模型MLM：GLM模型中，如果两个表型差异很大，但群体本身还含有其他的遗传差异（如地域等），则那些与该表型无关的遗传差异也会影响到相关性。MLM模型可以把群体结构的影...
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2022-12-14使用bedtools进行gwas基因注释GWAS分析中，找到显著性SNP，需要注释，才能找到候选的基因。 什么是注释呢？我们知道，GWAS的依据是snp与控制性状的基因处于LD状态，所以，我们才能推断显著性的SNP...
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各种文章中的关于有害突变的介绍及如何寻找及打分
1.zhangle(大论文） 所有SNPs变异经由 ANNOVAR软件进行注释，首先，经由两步建立华南虎基因组注释用的数据库，使用软件自带的脚本，将基因组注释文件进行转化，参...
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Paleobiodb & Timetree | 查找物种分化时间构分歧时间树的时候，找化石标定点，除了可以找文献，也可以参考这俩网站 一、paleobiodb古生物化石数据库 网址：https://www.paleobiodb.org/[...
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kaks calculator批量计算多个基因的选择压力kaks值文章来源：http://www.cnblogs.com/chenwenyan/ 1 文件准备 首先准备两个文件，一个是基因的cds序列，一个是蛋白质序列。 cds序列和蛋白质...
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Kaks_calculator计算ka/ks 值
kaks_calculator可用来计算ka，ks值，后续可计算分化时间点等。 安装 安装ParaAT 在安装kaks_calculator 之前安装比对软件paraAT，该...
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跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做堆积柱形图展示群体基因组学的结果论文 Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a...
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一文读懂比较基因组学
随着基因组测序爆炸性增长，比较基因组学已逐渐成为每个物种尤其是首次被破译基因组的物种的必备研究内容之一。那么什么是比较基因组学呢？比较基因组学是通过对系统发育中的代表性物种之...
