1.AUCell package 假设存在一通路A有20个相关基因，要评价通路的表达情况，可以用AUCell对这20个相关基因进行打分，得分高代表通路表达较高。 ①加载pac...
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lesson6 富集分析 -
lesson5 画！丑！图！1.小提琴图标注p值 （接lesson4） 仍以基因Rbp1的表达为例 2.比例图标注p值 画比例图 加载数据与r package 为画图挑选颜色 提取细胞的样品来源、clu...
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lesson4 展示marker在每个cluster注释好细胞类型后，需要找出每个细胞种类的marker基因并进行可视化 读取数据、创建seurat对象并进行锚点整合 降维聚类 进行SingleR注释 该图...
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lesson3 对聚类细胞cluster进行注释的方法在完成对样本的整合、聚类与可视化后，样本细胞形成了许多cluster，需要得出这些cluster代表的细胞种类并将其注释到图上。 注释方法分为手动注释与软件注释两大类 手动注...
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lesson2 多个样本的scRNA测序整合分析pipeline
当多个样本一同进行分析时，需要将多个样本进行整合，目的是让不同样本的细胞均匀地分布到各个cluster中。整合方法主要有锚点法和harmony法。 锚点法 锚点法整合速度很慢...
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lesson1 单一样本的scRNA测序pipeline
第一步 数据获取与前期准备 从NCBI上下载GEO数据后解压，在Rstudio中加载需要的package 第二步 读取数据并进行质控 读取数据 进行质控 过滤线粒体DNA含量...