详细的教程官方已经给出。这里记录自己常用的方法： 安装方法：用Python3安装就可以使用多核参数。sudo python3 -m pip install --user --...
发简信
IP属地：新疆
-
cutadapt用法案例 -
安装macsyfinder
安装macsyfinder时我出现了以下问题： "Cannot import macsypy, check your installation or your MACSY_H...
-
RNA-seq 数据分析最佳实战（综述）知识的学习没有一蹴而就，没有捷近，扎实的学习是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的综述，全面而详细！深度好文，可用来反复阅读。初学者用于把握RNA-seq真个流程及各个...
-
如何使用deeptools处理BAM数据如何使用deeptools处理BAM数据 总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq,...
-
【测序实验】如何从UCSC、RefSeq、Ensembl中下载参考基因组序列以人类参考hg38为例，介绍基因组及注释文件格式 一、hg38在三大基因组数据库中的主页 1. UCSC进入UCSC官网下载页面》拉到Dec. 2013 (GRCh38/hg...
-
教你3种方法下载NCBI GEO数据1.常规下载方式：prefetch 对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fast...
-
-
实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seura...
-
生信基因功能分析工具：Kinfin使用教程
上周推出的Orthofinder受到广大粉丝的热烈欢迎，于是我决定再给大家介绍一个我经常使用的基因功能分析的工具Kinfin，这款工具可以用于整理orthofinder结果（...
-
RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
-
SAMtools使用小技巧
SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式，当然他可以用于存放未比对的数据。 samtools的主要功能有...
-
BAM/SAM文件格式的一些小知识BAM/SAM文件的一些小知识 前言 如果不是在陈老师这读博，然后开始折腾BAM/SAM文件，我估计这辈子都不会了解到这么多东西吧 SAM/BAM简介 See Wiki Se...
-
bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对bwa bowtie salmon 直接从fastq到达特异性表达矩阵 subread 备注：需要对应建索引的软件版本，版本不同会报错！ hisat2 HISAT2建立索引时...
-
RNA-Seq差异表达分析-扩展综述及新工具RNA-Seq差异表达分析-扩展综述及新工具 理解不同生物在不同条件下表型差异的关键是确定不同条件下差异表达基因(DEGs)。转录组的高通量测序（RNA-Seq）是研究当前问...
