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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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NGS基础：测序原始数据下载
生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上传到公开的数据库，上传方式见测序文章数据上传找哪里；并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如 The data fro...
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本号停更
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picrust1脱坑
2020-12-22写在前面的话：第一次做微生物实验，尝试各种分析，踩了不少坑，虽然现在picrust1大有被Tax4Fun或其他功能预测方法代替的可能，但在这里还是做一下，...
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SRA数据(1)------SRA数据下载一.prefetch下载： 安装SRA Toolkit： 1.下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己电脑的版本下载，网速不好的推荐挂后台，80M左右，不大。 htt...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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基于R对TCGA患者临床数据整理和Cox分析
一、数据整理 1 导入数据 利用data.table包导入数据，以LUAD为例 2 选择感兴趣的临床信息 一般常规项包括submitter_id，vital_status，t...
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基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler仅针对人类而言。虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。主要包括两部分： 将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编号来自ANNOVAR的注释结果...
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TCGA数据挖掘二：基因差异分析加载之前下载并保存的文件 注意：这里介绍的差异分析方法有三种，其中limma是最经典的，但是limma是必须接受log之后的值，才能正确算出差异，一般芯片数据用limma包，...
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『Bilibili生信人应该这样学R语言』STEP BY STEP 1-12终于整理好了 P1 介绍R语言及Rstudio编辑器 00:45 下载R语言软件 for win 00:53 下载Rstudio Rstudio 01:47 Rstudio界...
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照着老大的这篇教程来的TCGA
主要照着老大的这篇教程来的TCGA https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA 生存分析的统计学探究 (老大的) ht...
