我与生信

前一篇推送已经与大家分享了这篇发表在Nature Plants上的关于小麦再生的文章。涉及的生信分析非常丰富，其比较重要的是关于转录因子的分析。所以这次推送就其中重要的几项转...

Y大宽

写在前面，这篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification and gene–disea...

六六_ryx

学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异peaks富集的工具 ATAC-...

小明的生信笔记

差异peaks分析 1.学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域用PCA评估样本间的关系评估不同工具得到的差异peaks的一致性 2.DiffBind...

生信start_site

关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个软件，并且不乏一些影响因子很高...

meraner

学习linux常用命令，并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释，发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结...

热衷组培的二货潜

放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...

纪伟讲测序

ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的，期望获得某个转录因子的功能，查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录，以及更高级的分析识别该转录因...

生信阿拉丁

作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...