@子非鱼_8337 crossprod是base包里面的函数,一般来说不太可能出问题啊。
用PLS和OPLS分析代谢组数据简介例1. 不同品种代谢产物OPLS-DA loading plot1 安装2 内置数据介绍 代谢物对个体性别的定性响应 - PLS执行PLS-DA结果参数解释模型评估常用可...
@子非鱼_8337 crossprod是base包里面的函数,一般来说不太可能出问题啊。
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@1c1dc97dc173 安装tidyverse
三元图总结简介 三元图(Ternary plot)1是描述三个变量之和为常数的质心图,其核心原理是: 等边三角形内任意一点到三角形三边的距离之和等于其中一边上的高(常数); 过等边三角...
就一般的OTU表
3. 共有特有OTUs/ASVs展示简介 维恩图和UpSet图均可用于集合共有和特有元素信息可视化,如果分组数小于等于5时,推荐用维恩图进行展示;当分组数大于5时,推荐用Upset图进行展示。 维恩图[http...
目录生成 用开始选项下红色框中的标签对各章节进行标题层级划分,然后生成自动目录。 分节符 用布局选项下分节符分割将论文为多个部分:如果需要某章节的起始页码为1,则在该章节前面...
@zhaoyanchao OTU 计数矩阵。
8. 群落结构差异显著性非参数置换的多变量方差分析(ANONIS)、相似性分析(ANOSIM)和多反应置换法(MRPP)常被用来评估不同采样点之间微生物群落组成差异的显著性。 一般来说,当我们通过降...
简介 ggExtra 的核心函数是ggMarginal,主要目标是在ggplot2的散点图边缘加上直方图/密度图/箱型图。 安装 示例
@whatever_whoeve 这个应该是根据你的实验设计考虑的。
8. 群落结构差异显著性非参数置换的多变量方差分析(ANONIS)、相似性分析(ANOSIM)和多反应置换法(MRPP)常被用来评估不同采样点之间微生物群落组成差异的显著性。 一般来说,当我们通过降...
ggplot_build ggplot_build() takes the plot object, and performs all steps necessary to ...
报错 安装R包时遇到installation of packages had non-zero exit status,并伴随前置报错信息: 缺少用于解析XML文档的libx...
参数介绍中有说design: 实验设计信息,样品信息的列名设置为samples,分组信息列名设置为“group”。
这段对应enrichment_analyses主函数第12行dge_list <- DGEList(counts = otu, group = design$group)中的group,可以看到这个group 是小写的。
示例数据修改了分组列名,改回来就好了。 最好不要改函数。
曼哈顿图展示差异OTUs简介 曼哈顿图(Manhattan Plot)本质上是散点图,一般用于展示大量非零的波动数据,散点在y轴的高度突出其属性异于其他低点:最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研...
报错 C:....\App Data/XMind/configuration-cathy_win32-R3.7.7.201801311814-data is not writ...
@Q_8bc6 你数据格式是什么样的呢?
曼哈顿图展示差异OTUs简介 曼哈顿图(Manhattan Plot)本质上是散点图,一般用于展示大量非零的波动数据,散点在y轴的高度突出其属性异于其他低点:最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研...
数据是按照上面的要求处理的么? design 里面有KO-WT这个分组没有?
曼哈顿图展示差异OTUs简介 曼哈顿图(Manhattan Plot)本质上是散点图,一般用于展示大量非零的波动数据,散点在y轴的高度突出其属性异于其他低点:最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研...
INFO fields NameBrief descriptionACallele count in genotypes, for each ALT allele, in t...
codml 位点模型 (Site model) 假设蛋白质氨基酸序列或密码子序列中不同位点受到的选择压力不同,可以通过 model = 0和多个Nssites 参数来实现这种...
输出coords 文件 展示一条染色体 展示所有染色体