你好，cytohubba插件的mcc算法与degree算法的结果完全一样是什么情况呢？
Cytoscape插件2：CytoHubbaCytoHubba:发现复杂网络的关键目标和子网络网络对呈现包括PPI，基因调控，细胞路径和信号转导等多种类型生物数据非常有用。我们//+重要性，并且这也能帮助我们发现网络中...
IP属地：广东
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Cytoscape插件2：CytoHubbaCytoHubba:发现复杂网络的关键目标和子网络网络对呈现包括PPI，基因调控，细胞路径和信号转导等多种类型生物数据非常有用。我们//+重要性，并且这也能帮助我们发现网络中...
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Cytoscape Network Analyzer转载自Cytoscape NetworkAnalyzer Online Help https://med.bioinf.mpi-inf.mpg.de/netanalyzer/...
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超几何分布检验（hypergeometric test）以及R中实现超几何分布检验常用来对venn图两个圈overlap的显著性进行检验设总共有29个人，其中11个吸烟者，18个非吸烟者，现从中随机抽取16个样本（在此实验中对应着肺癌病人），...
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R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...
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我也遇到了这个问题，请问你解决了吗？
Cox回归分析——森林图
将Cox回归分析的结果提取出来，用森林图展示 step1 生成示例数据 生成的df数据框，如下图所示： 包含了病人ID，生存时间，结局事件和50个基因的表达数据。因为都是...
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Cox回归分析——森林图将Cox回归分析的结果提取出来，用森林图展示 step1 生成示例数据 生成的df数据框，如下图所示： 包含了病人ID，生存时间，结局事件和50个基因的表达数据。因为都是...
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你好，为什么没有结直肠癌COADREAD的数据呢？
GEPIA：点点鼠标分析TCGA数据-超高自由度
随着公共数据库的建立和开放，越来越多的研究者可以接触到测序数据，非常适合想我们这种“三无”研究者（无课题，无经费，无文章）运用公共数据找点事情干，可以是另辟蹊径从某个独特的视...
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GEPIA：点点鼠标分析TCGA数据-超高自由度随着公共数据库的建立和开放，越来越多的研究者可以接触到测序数据，非常适合想我们这种“三无”研究者（无课题，无经费，无文章）运用公共数据找点事情干，可以是另辟蹊径从某个独特的视...
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你好，不能做多基因的生存分析吗？
GEPIA：点点鼠标分析TCGA数据-超高自由度
随着公共数据库的建立和开放，越来越多的研究者可以接触到测序数据，非常适合想我们这种“三无”研究者（无课题，无经费，无文章）运用公共数据找点事情干，可以是另辟蹊径从某个独特的视...
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【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数前言：在构建ceRNA 网络时，需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene (pc gene） 间的表达相关性，一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢？ 首先获得lncRNA...
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@e8300e7cca1e 请问你解决了吗？我的样本量也是不同的，不知道用什么计算
【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数
前言：在构建ceRNA 网络时，需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene (pc gene） 间的表达相关性，一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢？ 首先获得lncRNA...
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R语言学习笔记之相关性矩阵分析及其可视化TaoYan 计算相关矩阵 R内置函数cor()可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))...
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楼主，hylnc为35，hypc为223做共表达的时候出现了如下错误
> v = plcortest(circ_exp[hylnc,],
+ m_exp[hypc,])
Error in if (k & k2) { : missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In data.frame(..., check.names = FALSE) : 短变数里找到了行名，因此不用
2: In cor(x, y) : 标准差为零
3: In cor(x, y) : 标准差为零
楼主知道这是为什么吗？感谢两个检验给ceRNA锦上添花
前面提到过gdcRNAtools里面的ceRNA网络构建 构建鉴定ceRNA的标准有4个：（1）lncRNA和mRNA之间共享的miRNA数量；（2）lncRNA与mRNA的...
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好像也能用了
两个检验给ceRNA锦上添花
前面提到过gdcRNAtools里面的ceRNA网络构建 构建鉴定ceRNA的标准有4个：（1）lncRNA和mRNA之间共享的miRNA数量；（2）lncRNA与mRNA的...
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小洁老师，您这里的方法 我的理解是，通过差异分析得到关键的mRNA，再通过数据库有的mRNA和哪些miRNA有调控关系，进一步miRNA和lncRNA有哪些调控关系，找出这些miRNA lncRNA后，再通过cytoscape可视化对吗？全过程不需要用到表达矩阵。
我看到有人做ceRNA会把差异的mRNA、miRNA、lncRNA都找出来，然后计算表达矩阵的相关性，把显著相关的相互作用对筛选出来做cytoscape。
请问这些方法之间，哪种比较被公认呢？谢谢 -
@jlyq617 谢谢
R实例：limma包分析Agilent 4x44K Arrays
目前网页上常见的是使用Affy的包对Affymetrix的芯片分析教程，而忽略了对其他平台芯片分析。limma包是一个针对芯片数据进行分析的R包，支持不同平台的芯片数据。 数...
