#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ 小麦660K芯片变异定位工具 功能:通过比对探针序列与参考基因组,精确定...

#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """ 小麦660K芯片变异定位工具 功能:通过比对探针序列与参考基因组,精确定...
#第一步计算admixtrue结果,写成admixtrue.sh。nohup bashadmixtrue.sh for i in {6..20}; do for seed ...
在vcf基因 型整理过程中,有不同平台不同样本的vcf一键合成,用perl脚本完成 #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings;...
####根据个体ID,调取VCF文件 import vcf # 读取个体ID with open('171q.txt', 'r') as f: individual_id...
import pysamdef extract_vcf_info(vcf_gz_filename, output_filename): vcf = pysam.Varia...
import pysamdef add_ids_to_vcf(input_vcf, output_vcf): vcf = pysam.VariantFile(input_...
def vcf_to_012_without_pysam(vcf_filename, output_filename): data = [] # 用于保存所有的基因型数据...
setwd("D:\\GWAS\\QTL") library(BGLR) library(plyr) library(data.table) wheat.Y <- read....