应该在他这篇文献的附录里
文献：DOSE: an R/Bioconductor package for disease ontology semantic and enrichment analysis文献时间 2015 摘要 DO以疾病的形式来对人类的基因进行注释，对于联系高通量数据与临床数据有很重要的作用。DOSE是一个R包，提供基因和DO术语之间的语义相似度计算，使生...
IP属地：河北
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@inputzlx 这个都差不多吧，我也都是从相关文献看的
文献：Cancer Statistics,2018
文献时间 2018 摘要 每年，美国癌症协会估计美国各州将会新增加的癌症例和死亡例，然后将最新数据通过癌症发生率，死亡率，存活率进行整合。癌症发生的数据子2014年开始，由S...
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@inputzlx 这个没注意
文献：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis
文献时间 2018 摘要 这篇文章的目的是鉴别潜在的与乳腺癌发病相关的基因。使用WGCNA来建立加权共表达网络来探索临床特征和基因集之间的关系，以及来鉴定候选的生物标记基因。...
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谢谢你的疑问。就是我感觉这类似硬阈值，我就会觉得为什么就是0.8来作为阈值，0.75行不行，0.85行不行，阈值选取没有一个标准，让人感觉就是为了选取而选取的。只是个人观点，如果很多人用，可能有人经过多次尝试，经验上得到这个阈值比较好，也算有个说法。
文献：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis
文献时间 2018 摘要 这篇文章的目的是鉴别潜在的与乳腺癌发病相关的基因。使用WGCNA来建立加权共表达网络来探索临床特征和基因集之间的关系，以及来鉴定候选的生物标记基因。...
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文献：Cancer Statistics,2018
文献时间 2018 摘要 每年，美国癌症协会估计美国各州将会新增加的癌症例和死亡例，然后将最新数据通过癌症发生率，死亡率，存活率进行整合。癌症发生的数据子2014年开始，由S...
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文献：Cancer Statistics in China, 2015
文献时间 2016 摘要 癌症的发生率和死亡率逐渐升高，已经成为国内造成死亡的主要原因，也是目前社会的主要健康问题。因为中国人口数目巨大（13.7亿），所以使用1990年后的...
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文献：Identification of key gene modules and pathways of human breast cancer by co-expression analysis
文献时间 2017 摘要 背景 乳腺癌是一种十分长且而且严重的癌症，世界范围内的女性都收到其伤害。对于乳腺癌，已经有了基因表达的分析，但是基因共表达的分析手段仍然很少。我们尝...
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文献：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis
文献时间 2018 摘要 这篇文章的目的是鉴别潜在的与乳腺癌发病相关的基因。使用WGCNA来建立加权共表达网络来探索临床特征和基因集之间的关系，以及来鉴定候选的生物标记基因。...
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文献：DOSE: an R/Bioconductor package for disease ontology semantic and enrichment analysis
文献时间 2015 摘要 DO以疾病的形式来对人类的基因进行注释，对于联系高通量数据与临床数据有很重要的作用。DOSE是一个R包，提供基因和DO术语之间的语义相似度计算，使生...
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Bioconductor:DESeq2
摘要 测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC）产生的数据类似。RNA-seq数据分析的一个基...
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文献：KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
文献时间 1999 摘要 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个用于基因功能系统分析的数据库，将基因组信息与更有序...
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Bioconductor:clusterProfiler
准备工作 这里进行包的导入 基因ID类型的转换 bitr转换 参数： x：基因ID向量 fromType：目前基因ID类型 toType：目的转换ID类型，可通过向量模式表示...
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文献：Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expressi...
文献时间 2005.08 摘要 RNA表达数据的分析越来越普遍，从中提取生物相关的信息是一个很大的挑战。我们提供了一种方法，叫做基因集富集分析（GSEA），用来实现这个目标。...
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文献：clusterProfiler: an R Package for Comparing Biological Themes Among Gene Clusters
文献时间 2011 摘要 转录组和蛋白组测序数据不断增多，这就需要一个综合的分析策略。我们在此提供了一个R包，clusterProfiler，它将基因簇的富集分析和功能描述查...
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文献：Gene Ontology: tool for the unification of biology
文献时间 2000.5 摘要 已经通过测序知道，生物学核心功能的相关基因是共享的，其对应蛋白质的功能在物种之间也有很高的相似度。Gene Ontology Consortiu...
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第二章 模型评估与选择
经验误差与过拟合 首先在分类机器学习中，引入了两个概念，错误率：分类错误的样本数占总样本数的比例。其表达式为：。其中a为分类错误样本数，m为总样本数。与之相对应的就是精度：分...