What is HOMER？ HOMER is a software for motif discovery and ChIP-Seq analysis HOMER软件是Li...
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【生物信息笔记】HOMER 找 DNA motif
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使用HOMER进行peak calling
欢迎关注”生信修炼手册”! HOMER是一款进行motif预测的软件，除此之外，该软件还集成了许多其他功能，可以识别用于分析chip_seq,RNA_seq,Hi-C等数据。...
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ANNOVAR软件使用
ANNOVAR是一个高效的注释工具。它从不同的基因组功能注释基因变异检测(包括人类基因组hg18、hg19 、hg38、以及鼠、蠕虫、酵母等)。今天主要解说人类的注释。经过A...
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肿瘤突变分析神器-maftools包得益于曾老师的介绍引导，了解此包。了解一个包，先看包的说明书，包的用法都在里面。maftools包说明书 1.安装包，加载包 source("http://bioconduc...
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免疫浸润分析方法信息汇总整理这几天看的文献的重要信息。 1. 去卷积方法 CIBERSORT CIBERSORT是2015年在Nature Methods发表的一个方法，现在被引量为84，其方法摘要...
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用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...
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序列比较中ClustalW和BLAST的区别序列比对是生物信息学研究中一种常见且经典的手段。经过多年的发展，序列比对也诞生了很多种方法，这篇文章选择讨论的是两种比较常见的序列比对方法，选择哪种比对方法也是科研中容易踩坑...
