麦冬花儿

单细胞，这绝对是近五年来组学领域最热的一个词，其特点便是对单个细胞的测序破除了多细胞体带来的平均化效应，使得一些微量信号也可以被挖掘出来。不得不承认，单细胞的出现确实是具有划...

生信漫谈

单细胞测序一直很火，单细胞测序（Single-cell sequencing）是一种高通量、高分辨率的分子生物学技术，可以对单个细胞进行基因组、转录组、表观组等方面的测序，从...

sglwc

运行SCENIC做单细胞的转录因子分析时遇到一个问题，就是运行SCENIC所需的输入文件中需要用到cistarget database的参考motif文件，而这个在SCENI...

jjjscuedu

上面一个帖子，我们已经构建了拟南芥转录因子相关的motif数据库，今天我们随便找了一个拟南芥的例子来看一下，用的是一个叶片的例子。 注释也是粗略做了一下，只做测试，不做质量参...

jjjscuedu

前面测试了常见的人类和小鼠的数据集，但是我自己是做植物的。如果想要运行pySCENIC，就需要去建立自己的数据库。关于这块网上的资料，我自己也是遇到了一些问题，现在把自己的流...

jjjscuedu

今天学习另外一个转录因子活性预测工具：DoRothEA。很多文章用的也是这个工具，看起来比pySCENIC好像快很多。其实，单细胞转录因子分析本质上是计算一种specific...

cc的生信随记

3. CellChat CellChat，用于根据单细胞数据对细胞间通信进行推理、分析和可视化。包含文献支持的多个物种中的配体-受体相互作用，从而全面概括已知的分子相互作用机...

cc的生信随记

双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...

小汪Waud

曾老师有一篇文章《猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因》[https://mp.weixin.qq.com/s/NoLB5_M9mHu6yAFk0yRICg]，其中介绍了猪的单细...