生信雀

多重序列比对（Multiple-Sequence-Alignment , MSA）应该是序列分析中最为基础的操作了，笔者之前发了很大笔墨介绍了MAFFT这款软件的使用（MAF...

Ruta

举个栗子🌰： 最近对拟南芥中的一个叫做CBF的基因非常感兴趣，现在我想看看这个CBF基因在一个新测序的物种Am基因组上是否存在，Am中有几个CBF基因？这样的查找可以通过本地...

北欧森林

假设有reader1 和reader2，分别对一定数量病人的某一影像指标进行评分，现在想看一下这两位研究者评分的一致性，绘制Bland-Altman图是一种较为直观、简单的方...

科研那点事儿

数据及基础图形的绘制 1、数据——以R自带数据集iris为例 2、基于ggplot2包绘制散点图 局部放大效果的实现 1、加载包——主要基于ggforce包实现图形的局部放大...

生物GO

1、中国抗疫早在一年前就已经胜利，现在的新冠完全就是另一种冠状病毒。只不过国家为了保护我们，政策坚持到现在。 2、现在的新冠病毒是从南非免疫力低下的人群中，通过定向进化筛选出...

研究僧小蓝哥

“进化树的构建怎么操作？”“那肯定是用MEGA啊！” 可是真的好麻烦啊，要先比对再建树，然后再进行各种美化，习惯了R就用R解决吧。 简单Google之后发现R有现成的包可以完...

美式永不加糖

本文是对前几天的打脸打脸之处就在于发现了muscle的R包，从此不用再为序列比对东奔西跑—— Step 1. 从基因名拿到序列 这一步用到的包：biomaRt ，选择用sym...