加载需要的包 自定义函数 整体分析 输入为基因的symbol向量 org是"mmu"或者"hsa" 提取GO结果中的差异基因 提取KEGG中的差异基因
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Seurat单细胞分析常见代码-01
1.如何通过Seurat对象获取细胞对应的坐标? 2.如何通过Seurat对象获取原始表达数据? 3.提取特定基因阳性表达的细胞？ 4.修改tsne/umap图的配色 5.查...
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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RNA velocity of single cells文献学习在之前的一个视频学习系列笔记里，有一篇笔记提到了RNA velocity（Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（八））...
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表观遗传--RNA甲基化之m6A前沿 表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalent histone modification)、DNA甲基化修饰(DNA methylation)、RNA甲基化修饰(RN...
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用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap绘制基因组上一系列位置的信息，例如测序覆盖度等以ChIPseq为例我们想要看某一个转录因子在所有TSS附近的信号的平均，看在一个TSS附近直接用igv打开就行，但当我们看所有TSS或者给定一个bed文件的时候，就需要借用...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
