单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析 -
WGS分析笔记（7）—— 新的mapping工具开始之前特别感谢从美国“人肉背回”这两个软件的小伙伴！@Olivia阿仪_鸦雀 之前讲过目前用的比较多的两个二代测序基因组比对软件，bwa 和 bowtie2，也比较了一下效...
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使用ggplot2个性化绘制GO富集分析柱状图好久没更新了 今天就更新一波，今天的主题是如何使用ggplot2个性化绘制GO富集分析柱状图。进入正题,为什么选择利用ggplot做图，而没用clusterProfiler自...
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Xshell初步设置之前一直用的putty，现在改用Xshell了，首次配置记录下，免得以后折腾。 双击复制，右击粘贴 双击复制全路径 将以下分隔符中默认的.（点）,-(减号)，/（反斜杠）去掉...
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linux 脚本编程• 查看CPU信息：lscpu • 查看内存信息：free -h • 查看硬盘信息：df -h 显示当前文件夹的大小image.png 打印变量需要echo 美元符号$可以对...
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Samtools和Bcftools
Samtools和Bcftools简介 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。BCFtools主要是用来操作vcf和BCF文件的工具合集...
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下载SRA数据（四）
转自公众号：茶与生信 软件名：SRA Explorer 开发者：瑞典斯德哥尔摩的Phil Ewels 软件网页界面： 搜索方式：支持输入：GSE、SRA、SRP、PRJ、EP...
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GWAS理论 1-5 全基因组关联分析结果解读与经典案例介绍一、主要结果 二、结果可视化与后续分析建议 置换检验（Permutation test） bonferroni threshold 和 FDR 看我之前的简书文章有解释 受...
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PCA计算原理（超简单，R代码）今天介绍如下三点内容: PCA是如何计算的 如何计算每个PC所能解释的方差 特征值与PC解释方差比例的关系 1. 使用R语言自带函数prcomp计算PCA 并计算每个PC所能...
