目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版) -
RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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转录组入门（5）： 序列比对欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisa...
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CellRanger使用学习
本文参考多篇简书教程（请查看本文最后的参考资料） 安装 可查看10xgenomics官网安装教程 下载参考基因组数据 可直接下载10xgenomics官网提供的已构建好的索引...
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使用SingleR包进行单细胞类型注释分析SingleR包简介 SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包（Aran et al.2019）。它通过给定的具...
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WGS分析笔记（2）—— bwa vs bowtie2更新于2020.10.29 在进行正式的mapping记录之前，先记录一下bwa与bowtie2在mapping这个环节的情况。 一般对于WGS结果的mapping，一般推荐...
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GTF/GFF文件的差异及其相互转换我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？ GFF全称为general ...
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整合QC质控结果的利器——MultiQC一、MultiQC介绍 NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。不少生...
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参考基因组及注释下载
现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因组存储网站三个： UCSC 的...
