最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面的可视化。最近在简书上也收到了...
发简信
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（下） -
使用Paml中的Mcmctree估算物种的分歧时间
最近在做硕士毕业课题的收尾工作，正好做到了物种分歧时间的部分，虽然之前也做过，但是还是复习一遍。 1.安装Paml 2.配置带有时间校准点的系统发育树首先说明Mcmctree...
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比较基因组学-OrthoFinder后进行分歧时间估计及R语言绘制树图
一、通过 OrthoFinder 生成的单拷贝基因进行建树 比较基因组学的话，推荐建树软件为Raxml。我的运行代码如下： nohup raxmlHPC-PTHR...
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hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程
参考文献:Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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生信 | 构建物种的OrgDb写在前面 本文主要参考生信小白2018[https://www.jianshu.com/p/bb4281e6604e]与多啦A梦的时光机[https://www.jiansh...
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2021-11-06从人见人爱的向日葵说起——Ks与全基因组多倍化事件向日葵是吃瓜群众喜闻乐见的一种植物，除了能够长出朵朵葵花向太阳的萌萌大脑袋，还能结出令人爱不释手的瓜子，无论干炒、奶油、五香，都很好吃！不仅如此，向日葵还是重要的油料作物，葵...
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全基因组复制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值计算转自：https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6[https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6] 一、4Dt...
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【基因组】那些接收植物基因组de novo组装文章的期刊(2021-3-18更新)
2021-3-18 update: 一个新的铁皮石斛基因组发表在《药学学报》英文版上，该期刊最新的影响因子为7.0972020-11-18 update: 黄芩和半枝莲基因组...
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前两年能投的现在都投不了了，现在投哪些合适呀？
【基因组】那些接收植物基因组de novo组装文章的期刊(2021-3-18更新)
2021-3-18 update: 一个新的铁皮石斛基因组发表在《药学学报》英文版上，该期刊最新的影响因子为7.0972020-11-18 update: 黄芩和半枝莲基因组...
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多翻翻结果，文件里有扩张收缩基因，提取完之后再去用R做GO分析（这个网上有教程）
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）
一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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从广州到云南旅游攻略，不用3000~
从广州到云南旅游攻略，不用3000~ 大家好，我是鲁七爷。 今天给大家分享一下去云南旅游的攻略，全程算下来，我都没用3000，但是玩得好爽。 现在感觉大理的海，大理的天，大理...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
