IP属地：河北
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三代全长转录组分析流程：使用isONform从ONT获取isoform转录本
安装https://github.com/aljpetri/isONform?tab=readme-ov-file[https://github...
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提取收缩扩张基因家族的基因
需要在linux系统中,要装了seqkit软件 使用例子 提取指定物种MLA的全部收缩扩张基因和显著收缩扩张基因,分别在两个子文件夹中,--co...
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叶绿体基因组过程中用到的python脚本
根据编号修改fasta序列名 读取rename_list.txt文件，有两列，第一列是编号，第二列待改的名字，该文件开头内容如下：L019 ...
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在ubutnu上安装最新R的方法
直接用apt安装的R版本只有3.6,有部分R包不能使用.在网上找了一圈教程,发现都成功,最后在清华源的CRAN官网上终于找到可靠的方法：http...
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调整基因组中序列的顺序，名称和方向
依赖biopyhon包pip install biopython 首先获得当前基因组文件的序列名,以便后续编辑。注意，生成的list.txt文件...
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用file2.fa的序列替换file1.fa中同名的序列
需要安装biopythonpip install python --chr输入同向替换的序列名--rev输入反向互补然后替换的序列名多个序列用逗...
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samtools整合sam转bam/sort和index命令
使用bwa，hisat2等比对软件，常会得到sam文件，此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令
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使用UpsetR对orthofinder结果可视化使用conda安装，使用过程中报错查阅得知是diamond的版本不兼容导致将diamond降级后问题解决conda install -c bio...