根据编号修改fasta序列名

读取rename_list.txt文件，有两列，第一列是编号，第二列待改的名字，该文件开头内容如下：
L019 L019_Scutellaria_grossecrenata
L020 L020_Clinopodium_chinense
L021 L021_Prunella_vulgaris
L022 L022_Isodon_sp
L023 L023_Scutellaria_indica
读取rename文件夹下的fasta文件，检查这些fasta文件名的开头是否与上面文件的第一列编号对应，如果对应的话，就将里面的>符号后的序列名字改为对应的第二列.这些fasta文件名如：L019huangqinshu.fasta，并没有下划线，但是前4个字符就是编号，另外，将改好的文件放入change文件夹中，源文件不变.

这个脚本的工作原理如下：

读取rename_list.txt文件并将编号和对应的名字存储在一个字典中。
遍历rename文件夹下的所有fasta文件，检查文件名前4个字符是否在字典中。
如果编号在字典中，修改fasta文件中的序列名称为对应的名字，并将修改后的文件保存到change文件夹中，而不修改源文件。
确保将脚本与rename_list.txt文件、rename文件夹和change文件夹放在同一目录下运行。

import os

# 读取rename_list.txt文件
rename_dict = {}
with open('rename_list.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        if line.strip():  # 忽略空行
            parts = line.strip().split('\t')
            if len(parts) == 2:
                rename_dict[parts[0]] = parts[1]

# 处理rename文件夹下的fasta文件
rename_folder = 'rename'
change_folder = 'change'
os.makedirs(change_folder, exist_ok=True)

for filename in os.listdir(rename_folder):
    file_path = os.path.join(rename_folder, filename)
    file_id = filename[:4]  # 获取文件名前4个字符作为编号

    if file_id in rename_dict:
        new_name = rename_dict[file_id]

        with open(file_path, 'r') as f:
            lines = f.readlines()

        # 修改fasta文件中的序列名称
        new_file_path = os.path.join(change_folder, filename)
        with open(new_file_path, 'w') as f:
            for line in lines:
                if line.startswith('>'):
                    line = f'>{new_name}\n'
                f.write(line)

print("所有符合条件的fasta文件已修改并保存到change文件夹中。")

扫描指定文件夹下的fas为后缀的文件，fasta格式，如果里面的序列少于38个，打印出文件名

import os
from Bio import SeqIO

def scan_fasta_files(folder_path):
    # 遍历文件夹中的所有文件
    for file_name in os.listdir(folder_path):
        # 检查文件是否以 .fas 结尾
        if file_name.endswith('.fas'):
            file_path = os.path.join(folder_path, file_name)
            # 读取fasta文件中的序列
            sequences = list(SeqIO.parse(file_path, "fasta"))
            # 如果序列少于38个，打印文件名
            if len(sequences) < 38:
                print(file_name)

# 使用示例
folder_path = "/path/to/your/folder"  # 将此路径替换为您的文件夹路径
scan_fasta_files(folder_path)