在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
IP属地：辽宁
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比对软件STAR的使用
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RIP-seq数据分析浅试（1）1.下载数据：ascp/prefetch。我们的服务器不要用ascp下，不要用ascp下，不要用ascp下！！！下不下来的。 命令：prefetch.2.9.3 -v SRR...
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单细胞空间转录分析之Seurat-多样本整合（浅谈空间批次）单细胞空间转录组和单细胞分析类似，不可避免的会遇到多样本的问题，这就需要使用多样本整合分析策略Seurat提供了多张切片（slices）整合分析(Merge合并) 单细胞空间...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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聚类分析：k-means和层次聚类尽管我个人非常不喜欢人们被划分圈子，因为这样就有了歧视、偏见、排挤和矛盾，但“物以类聚，人以群分”确实是一种客观的现实——这其中就蕴含着聚类分析的思想。 前面所提到的机器学习...
