Minimap2的安装 方法一：conda安装 # 创建并进入conda环境 conda create -n Minimap2 -y source activate Mini...
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使用Minimap2软件进行全长转录组测序数据比对 -
【文献速递】中国鲍曼不动杆菌血流分离株的基因组流行病学与系统动力学文章题目：Genomic epidemiology and phylodynamics of Acinetobacter baumanniibloodstream isola...
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【文献速递】基于微生物社会性行为构建植物促生型合成菌群文章题目：Bacterial socialinteractions in syntheticBacillusconsortia enhance plant growth 文章...
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一分钟了解Linux神器：cat命令
今天我们来聊聊Linux世界里一个看似简单，却无处不在、超级实用的命令——cat。 什么是cat？ “cat”其实是concatenate 连接）的缩写。不过别担心，它的功能...
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中华临床感染病杂志 | 噬菌体治疗临床应用管理专家共识（2024版）噬菌体治疗临床应用管理专家共识（2024版）由中国噬菌体研究联盟、中国生物工程学会噬菌体技术专业委员会及中国微生物学会医学微生物学与免疫学专业委员会共同制定，旨在规范噬菌体治...
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Linux命令重定向详解
在Linux系统中，重定向是命令行操作中一项强大且常用的功能，它允许用户灵活地控制命令的输入和输出流。通过重定向，命令的输出可以保存到文件中，错误信息可以单独处理，或者从文件...
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Pigz：高效的并行压缩工具
随着基因组学与组学研究的快速发展，研究人员面临着海量数据的处理和存储挑战。高通量测序技术（如二代测序、三代测序等）所产生的数据量巨大，常常达到数百GB甚至TB级别，如何高效、...
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Grep：探索命令行的强大工具
在日常的编程和系统管理工作中，我们常常需要处理大量的文本数据，如何高效地从中筛选出有用的信息呢？今天，我要介绍一个非常强大、又简单易用的命令行工具——Grep。 什么是Gre...
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【文献速递】碳青霉烯酶高毒力肺炎克雷伯菌的IncFIIK34 KPC-2质粒全球性研究文章题目：Global emergence of Carbapenem-resistant Hypervirulent Klebsiellapneumoniae driven...
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【文献速递】确定性和随机过程在构建陆地生态系统土壤细菌生态型中的不同作用文章题目：Differential rolesof deterministic and stochastic processes in structuring soil ba...
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【文献速递】变废为宝：利用机器学习从宏基因组中挖掘污泥中的抗菌肽文章题目：Waste to resource: Mining antimicrobial peptides in sludge from metagenomes using ...
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Kaptive脂多糖血清型分类系统更新2025年4月30日，Kaptive发布了最新的Kaptive v.3.1+，对肺炎克雷伯菌脂多糖（LPS）血清型（O locus和O type）的分类系统进行了全面升级。与...
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使用SAMtools软件进行序列可视化展示SAMtools序列可视化操作 1）准备 BAM 文件 # 使用参考序列构建索引，index为索引前缀 bowtie2-build reference.fa index # ...
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借助Bowtie2软件分析基因组的测序深度示例数据： ├── plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列 ├── reads_1.fq……………………………………………………...
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Bowtie2软件的安装和使用1. Bowtie2软件的适用范围和应用场景 Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 (适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基...
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BWA软件的安装和使用1. BWA软件的适用范围和应用场景 bwa 是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法： BWA-backtrack:用于进行Illumina reads的比...
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【文献速递】人类呼吸道微生物组和抗生素耐药基因在健康人群中的传播文章题目：Transmission of thehuman respiratory microbiome and antibiotic resistance genes in...
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PSI-BLAST使用PSI-BLAST即Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族...