1.genome survey 数据过滤去除测序原始数据中可能包含低质量、接头污染以及含 N 过高的 reads NT比对通过BLAST对下机数据过滤后的有效数据进行 NT ...
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图,用来描述基因组的基因密度分布,转座子的密度分布,和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系,以及其他各种你只要测序就能加上的信息,比如...
好的!感谢感谢!
pse-genome(伪基因组)的制作最近做课题,要做pse-genome。什么意思呢,就是要把某个个体call出来的snp替换掉参考基因组对应位置的碱基。这个刚开始接触的时候,头皮发麻,不知道咋入手。后来发现用...
一般使用 CMplot 绘制SNP密度图:包链接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图,仅仅需要三列即可:a. 第...
Markdown是一种纯文本格式的标记语言。通过简单的标记语法,它可以使普通文本内容具有一定的格式。 相比WYSIWYG编辑器 优点:1、因为是纯文本,所以只要支持Markd...
GATK4已经省了这两步了,全都整合在了HaplotypeCaller里面
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA,使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
大神,您好!冒昧的打扰,请教个问题。我在用bismark比对的时候,调用bowtie2报错,以前是可以跑通的,请问遇到过这种问题吗?报错如下:Error reading _ebwt[] array: 5231232, 124768704 Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)
DNA甲基化DNA甲基化是表观遗传学研究中的一个重要一个分支,符合表观遗传学DNA的序列信息没有改变的特地点,而是DNA的碱基发生了化学修饰。最常见的一种修饰如5-甲基胞嘧啶(5-met...