发简信
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mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal！ 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的表达矩阵数据，但是无论是自身实验需要，还是从NCBI的GEO...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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收录比较基因组学，进化基因组学，群体基因组学，分子进化，及相关领域的各类文章。特别地。由于是简书，建树的内容当然是必不可少了。 欢迎大家投稿
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使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树
虽然简单，但绝对首发……该给自己的系统发育构建流程升级了，新版本软件不仅速度快，而且对用户友好！ modeltest-ng 的速度是真的飞快！modeltest-ng 和 r...
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IQ-TREE最大似然法构建系统发育树的神器IQ-TREE：最大似然法构建精确、快速、灵活、广泛的系统发育树 IQ-TREE自2011年就已经开发并开源，至今都有专业团队维护，其名字来源于IQPNNI和TREE-PUZ...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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大爱洲更
「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始
我们第一周目标有三个: 熟悉Linux环境登录服务器Linux基本命令PATH的意义 学习conda管理环境如何在conda中添加channel如何用conda安装和卸载软件...
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学习生物信息，我都应该掌握那些内容？持续更新ing.....最后更新时间：2019/3/8 10:28 AM 1.linux命令 1.1 linux的权限 权限： eg： 7=4+2+1 #代表w+r+x权限...
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Smart is the new Sexy
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CentOS 7 中firewall-cmd命令
如果你的系统上没有安装使用命令安装安装firewalld 防火墙yum install firewalld 开启服务systemctl start firewalld.ser...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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2019-04-16简单的利用R语言绘制进化树（模仿笔记） 必备软件：treeio，ggtree。需要首先安装Bioconductor，官方网址:http://www.bioconductor....
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2019-04-15PCA绘图模仿笔记 PCA（Principal Component Analysis）是一种常用的数据分析方法。PCA通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的...
