想要LoadData("ifnb")需要library(SeuratData),但是devtools::install_github('satijalab/seurat-da...
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cellranger生成了一个文件夹,里面保存了很多文件,都有的
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(一):Analyzing PBMC scATAC-seqSignac是Seurat的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前,Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据,之后还会添加其他基于染...
@Evil_Genius 老师,解决了,dorothea::run_viper运用函数时要加前缀。
10X单细胞(10X空间转录组)转录因子活性分析之DoRothEAhello,大家好,今天给大家分享一个转录因子活性预测的工具,DoRothEA,在多篇高分文章中都有运用,我们就来看看这个软件的优势吧。大家可以参考DoRothEA[http...
@Evil_Genius 老师,我刚才看了slot下面有东西,而且我用pbmc的示例数据也是会报这个错误,真的蛮奇怪的。
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老师你好,请问在运行run_viper的时候会报错Error in as.vector(data) :
no method for coercing this S4 class to a vector。我的数据是单细胞转录组Seurat的S4类数据。
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Cairo cellchat libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29 not found ragg RODBC
Linux下解压命令、压缩命令大全,详细教程 linux常用的解压和压缩命令如下: 1、.tar 2、.gz 3、.tar.gz 和 .tgz 4、.bz2 5、.tar.b...
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再肝一个R包!一行代码绘制精美火山图! - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/554098598[https://zhuanlan.zhihu....
细胞比例 1 2 3 4 5堆叠柱状图 5-2堆叠柱状图
求求,有没有直接去除红细胞相关基因的文章
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(七):空间转录组分析第七节:空间转录组分析 在本节教程中,我们将学习空间转录组的一些分析方法。10X Visium平台的空间转录组数据在许多方面是类似于scRNA-seq数据的,它包含5-20个...