临床预后模型，大多包含风险分层和独立预后分析两个验证分析，而很多文章在两个分析上存在不严谨。下面介绍一些分析的关键点。 1. 风险分层与cutoff 一般而言，预后模型会有训...
IP属地：上海
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临床生信文章普遍存在的两个统计问题
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转录组DEGs聚类热图和功能富集分析写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下： 来自Nature ...
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GEO芯片联合分析批次校正combat/limma批次校正的原因和方法 校正批次效应这篇说可以用combat来进行批次校正校正批次效应这篇说limma和combat都可以ComBat or removebatcheffect...
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R语言转录组分析-GEO数据库下载及Illumina数据处理一、简单认识一下GEO数据库 入口：在NCBI主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 的搜索入口输入关键字，比如某个基因或某个疾病，选择数据类型为GE...
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2020-01-21 lumi包解决zscore的数据 韦恩图作业（上）解了2天的题：2020-01-20---2020-01-21 题目链接 辜负了曾老师的期望，最后还是在他的协助下完成了差异分析。 获取数据并做质控 下载原始数据 normal...
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免疫基因集signature又有人发了Ebiomedicine
偶然又看到一篇基于免疫基因集的预后 signature文章发表在新贵杂志-柳叶刀旗下的 Ebiomedicine杂志上，分享给大家，研究团队来自 南京医科大学生殖医学国家重点...
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在线画图平台千千万，总有一款适合你人人都想画出好看的图来展示成果，如果你没有编程基础，各大公司的云平台基本可以满足大部分需求或者找人帮忙，如果你是大牛，可以自己写个小工具个性化定制。如果你懂一点想学习更多自己...
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一个 WGCNA分析直发5分你敢相信吗？
2019年4月 Journal of Clinical Medicine杂志发表了来自台湾学者的通过综合生物信息学分析鉴定乳腺癌的预后候选基因文章。 内附审稿报告。 Pee...
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从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
