写在前面： 对于我们大多数来说，用图形或图表更比数据本身更能说明问题，更容易让人理解，并且可以赏心悦目。细胞内部，大量的分子时刻都在发生着变化或相互作用。对于我们来说，了解这...
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Cytoscape中文教程（1） -
TCGA癌症类型和样本代号解析之前分析TCGA数据都是直接匹配barcode，其规则懂的不多。相信有不少同志也有这方面困惑。 这里给出两份资料，一份是TCGA官方英文介绍，链接为https://wiki....
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GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌） TCGA GEO
今天我们介绍一篇稍高分数的文章，来看一下生信挖掘文章如何发更高档次的杂志。这篇文章是利用GEO和TCGA数据挖掘宫颈癌预后相关的关键基因，2019年发表在Journal of...
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利用TCGA数据库发表的文章都是哪些杂志？
大家好，今天和大家分享一下TCGA从2017年到现在发表文章的情况；做这个整理的目的呢？是因为很多小伙伴都在群里或者是后台问我们，TCGA的生信分析往哪里投？ 我们在PubM...
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WGCNA：选择某个模块绘制共表达网络前面的教程已经进行了WGCNA分析并将各个模块的网络图绘制文件导出，接下来将进行共表达网络的绘制，本次教程依旧根据PlantTech的Cytoscape课程[https://...
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主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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WGCNA学习：WGCNA分析实战WGCNA笔记第三弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实践 本代码借鉴了生信技能树的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA课程编写，转载请注明出...
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WGCNA学习：WGCNA分析原理本教程根据PlantTech的WGCNA课程编写，课程还是不错的，所以将该课程给大家分享一下。 WGCNA笔记第一弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实...
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
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使用edgeR进行无重复差异表达分析写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...
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湿实验伤手，干实验伤脑，干湿结合可能会更好。
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RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析这个推文已经发布在生信技能树公众号： RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
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TCGA FPKM 转化为 TPM
FPKM 一般来说不太好用，转为TPM进行后续的分析比较合适。下面是FPKM转化为TPM的R实现： 参考： RNA-Seq的Counts和FPKM数据如何转换成TPM？[ht...
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FPKM数据下游分析
前面分享了FPKM数据该怎么分析？后来看了一下别人分享的例子，应该把FPKM转换为TPM后再进行分析。为什么说FPKM和RPKM都错了？简单小需求：如何将FPKM转换成TPM...
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2022年，鱼跃龙门！积极主动，逆天改命！
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UKBB数据下载流程（第一节）
从今天开始，我又要经常回到简书记录一些数据下载，处理流程了。目前需要UKBB的GWAS， 用的人很多，都是大文章，大手笔。我没有找到怎么下载的。所以打算自己跟着帮助文档学习一...
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R语言进阶系列
1. R语言进阶之广义线性回归[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247484183&idx=1&s...
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孟德尔随机化系列文章
什么是工具变量？[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247483687&idx=1&sn=e5ef4...
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