杨博士聊生信

大家好，本周我分享的文献是一篇关于结合环境指标解释和预测作物表型的研究。 文章题目：An integrated framework reinstating the envir...

EwanH

基本概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两...

正踪大米饭儿

一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...

名本无名

前言 接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种： short-read long-read direct ...

郝永超M1racle

前言 近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下 全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRT cell）,凭借超长读长的...

超人立志做国王

对于非模式生物或者无参考基因组的项目，经常需要进行基因的功能注释，而GO注释是基因功能注释的重要部分。有很多软件能够获得GO注释的信息，例如interproscan、eggn...

医学小白学生信

ENTREZID SYMBOL ENSEMBLE 的相互转换 1 ID的转换 2 GO分析 分析得到GO功能文件后，画柱状图对功能名字进行了缩写 3 KEGG分析

lxmic

作业要求 我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分...

每天都在进步的FFOO

真的，无论什么时候，你总会遇到一些奇奇怪怪的文件，要读取，一开始真的痛不欲生，自己总结了一小波，给自己储个粮~~~如果有什么不对的小错误欢迎大家指出 关于文件类型~~ 目前遇...