作者，Evil Genius 这一篇我们继续分子动力学。 NPT预平衡密度值与标准结果不同，是因为与压力有关的性质收敛一般很慢，因此运行NPT平衡的时间可以适当延长一些。 经...
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分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤七（Gromacs） -
文献分享--解析乳腺癌脑转移的细胞结构揭示了预后不同的免疫景观作者，Evil Genius 马上五一了，大家有什么打算么？买到票的可以回家住几天，决定留在单位的，周围可以转转，别去那些景点，放假的时候是个景点都人满为患，科研人员没安排的...
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思路分享--关于空间转录组的CN注释问题作者，Evil Genius 有粉丝说以我为榜样，首先我自己非常开心啊，有人认为我可以做榜样;但实际上我这能力做不了榜样，我93年的，马上35岁了，该有的什么都没有，至今都是...
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分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤六（Gromacs）作者，Evil Genius 有人问我天天这么学习有用么，这个看你指什么方面了，如果是学习本身，掌握了新的知识，那有点用；但如果说的是学习之后能不能挣钱，让生活好起来，这个我...
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脚本更新--低精度（visium）量化不同状态之间的空间关系作者，Evil Genius 今天我们更新脚本，量化不同状态之间的空间关系。 我们解析一下： 对于visium，直径是55um，一个spot内部是co-localizatio...
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顶刊分享（xenium）--致癌和抑癌力量在良性向恶性转化的过程中汇聚于一个祖细胞微环境作者，Evil Genius 其实大家如果了解过多组学，每个组学对基因的分类其实是有差异的，基因组会将基因分为原癌基因、抑癌基因、免疫正相关基因、免疫负相关基因、同源重组缺陷...
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分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤五（Gromacs）作者，Evil Genius 人生有很多挫折的事，每个人都一样，大家能做的就是面对，想要杜绝是不可能的。 今天我们继续分子动力学：NVT和NPT预平衡。 也是分两步走：第一步...
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知识汇总--癌症相关成纤维细胞的异质性与可塑性作者，Evil Genius 我们做生信分析，永远离不开生物背景，很多导师穷其一生只研究一个蛋白的作用，可见我们对于生物的认知，其实距离还很远。 任何时候，尤其硕士博士，哪怕...
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HD文献分享--整合流行病学与分子数据揭示食管腺癌癌前状态与癌状态之间的关系作者，Evil Genius 今天我们分享文献，多总结总结关于HD的分析思路，HD的文章比起2025年6月培训的时候已经多太多了。 知识积累 癌症通常需要数年时间才会发展形成...