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TCGA+biomarker——风险因子关联图
简介：风险因子关联图常见于cox风险比例模型，常见于下图这种三图联合的展示形式，展示的是由cox风险模型区分出的高风险和低风险人群在人群比例、生存时间（生/死）和关注的基因表...
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@学习生信的小兔子 你好，可以分享一下教程嘛？
2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载
数据库背景介绍 TCGA，全称：The cancer genome altas官网：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
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2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载数据库背景介绍 TCGA，全称：The cancer genome altas官网：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
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windows 10 下载安装 Perl ，用于执行 .pl 文件。1、要执行.pl文件，需要安装 Perl 语言的运行环境，windows 10 安装 ActivePerl 下载 ActivePerl 官网：https://www.acti...
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GEO数据挖掘小尝试：（一）寻找共同差异基因在使用Bioconductor 分析芯片数据（一）中我们使用的是芯片的原始数据（即*.cel文件）进行分析，但在大部分情况下我们是可以利用GEO数据库中已有的表达矩阵来进行数...
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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GEO数据库挖掘—生信技能树B站视频以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍ID转换：使用R语言技巧实现基...
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以基因名字合并两个数据集（R语言，merge函数）
前言： 根据基因名字（列名），合并两个数据集（行数不同的，两个数据中基因对应的信息多条，多样） 数据集1: 数据集2: 想要的样子: 不要问我拿来干什么，问就是在做附录的表格...
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GEO数据库学习总结（三）ID转换通过前面的数据下载，我们一般都可以得到如下矩阵，为了后续分析及文章需要，我们则需要吧探针名转化为gene_symbol ID转化主要分为二步 Ⅰ、得到探针一一对应的基因名Ⅱ、...
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GEO数据库-ID转换系列作者：jzhang Update：2020-07-12 Emali：jzhang910@qq.com 前言：我们都知道很多人在进行GEO数据库挖掘的时候，首先遇到的第一个痛点...
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TCGA 01 TCGAbiolinks下载转录组数据差异分析1. 准备 安装和导入TCGAbiolinks包 查看各个癌种的项目id，总共有65个ID值 查看project中有哪些数据类型，如查询"TCGA-LUAD"，有7种数据类型...
