环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备...
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「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析 -
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
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使用snpEff对VCF进行注释
使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff未提供相应的数据集（例如自己组...
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用snpEff产出的vcf提取4DTv位点，构建进化树
用snpeff产出的vcf提取4DTv位点，用于构建进化树 转载自https://blog.csdn.net/u012110870/artic...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative)...
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群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）...
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群体遗传学基础知识
转载自：https://www.jianshu.com/p/7d4e4948b623 群体遗传学基础知识 群体（Polulation）：是指生活...
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Fst的计算原理与实战
概念回顾 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群分化...
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连锁不平衡（LD）分析。在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是非常常见的内容，同时也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减或者block单...
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群体遗传学专题二之GATK实战
写在最前面 本次的GATK实战用到的raw data是水稻的，reference是v4版本，具体如下：raw data：EV19-0_HQ_cl...
专题公告
遗传学
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