这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。...
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转录组入门（7）：差异表达分析 -
TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯...
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GEO数据库视频学习笔记（了解你的表达矩阵）继续上一篇笔记，这一个视频讲的是对表达矩阵进行各种的探索，所以视频的名称就叫“了解你的表达矩阵”，视频地址是：https://www.bilib...
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GEO数据库视频学习笔记（ID转换）上一篇笔记记录了如何下载芯片数据（GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）），这篇笔记继续跟着视频学习，视频地址：here （一）如何...
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GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。趁着还没复工，再多学...
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肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全，TCGA再也不愁TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全： 广而告之 说一个事，鉴于简书平台在信息传...
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R - 数据去重复
unique R语言unique(){base}可以用于单个列表去重复，但不适用与数据集。 duplicated duplicated (){b...
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GEO数据库挖掘—生信技能树B站视频以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍...
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质控软件 fastp
注：本文全文摘选自知乎：fastp: 一款超快速全功能的FASTQ文件自动化质控+过滤+校正+预处理软件 1引言 各位做生信的小伙伴都知道，对于...
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从官网上下载TCGA数据不知从TCGA下了多少次数据了，每次都像失忆了一样重新研究……果然凡事都该动笔记下来 TAT本次以肝癌数据为例操作系统：MAC OS 1. 登陆...
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