使用cBioPortal进行复杂的癌症基因组和临床profiles整合分析（Y大宽原创，转载需要说明） 主要来自于doi:10.1158/215...

单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很...

在读郭老师HCL（）文章的时候，有个概念：Pseudocell。 Pseudotime才搞明白，Pseudocell又是什么意思啊，cell还可...

1） Why GSEA？ 传统KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析时，如果富集到的同一通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么...

单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c...

主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the eco...

仅针对人类而言。虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。主要包括两部分： 将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编...

第 3 章 热图注释 热图注释是热图的重要组成部分，它显示与热图中的行或列相关联的附加信息。 ComplexHeatmap包为设置注释和定...

pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组...

前段时间，一个单细胞分析同行提问，发现AverageExpression()和通过aggregate计算得到的基因表达均值，两者的结果是不一样的...