富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如GO富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素：1，名字（GO term或者...
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将GO、Pathway富集结果整合在一张高颜值圆圈图上 -
RNA-seq 详细教程：搞定count归一化（5）学习目标 了解如何在归一化过程中列出不同的 uninteresting factors(无关因素) 了解常用的归一化方法，已经如何使用 了解如何...
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RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）
介绍 RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析 SNP...
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引物设计原则
1. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分...
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RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较本节概览：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取差异基因绘制火山图和热图 承接...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQues...
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Python根据注释表实现基于超几何分布的Go/KEGG, enrichment分析拿着一个DEGs的list和基因functional annotation竟然没有找到简单的脚本一健生成Go或者Kegg的富集结果,啊这！（可能...
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一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程
PS：如果你需要本教程的练习代码和文档，可以在公众号回复“20220122”即可获得。 前言： 今早看到一篇博文，提到了FPKM与TPM间转化。...
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【点】count、RPM、RPKM、FPKM、TPM
为什么需要标准化 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差：测序深度和基因长度。 #测序深度：一个片段测了几遍 #测序覆盖度：测序片段匹配到目标...
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转录组分析5——差异表达分析差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图等• 差异表达分析及可视化➢ ...
专题公告
RNA-seq数据分析好文
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