DESeq2文库标准化 问题1:调整文库大小的差异 样本1的read是样本2的一半,样本2中每个基因的read是样本1的两倍。这种差异不是生物学...
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热图 这是热图,行是gene,列是RNA-seq样本。这个数据已经通过两种方式进行了修饰,因此我们可以从中获得一些见解。 相对丰度(relati...
层次聚类 层次聚类(Hierarchical Clustering)通常与热图有关(heatmap)。热图的列代表不同的样本,行代表来自不同样本...
t-SNE 这是一个基本的二维散点图,我们来看看t-SNE是如何变换这个图的,在数轴上画出平面的一维图。 注意:如果我们只是将数据投影到其中一个...
MDS and PCoA 多维缩放(Multi-Dimensional Scaling)分为: 经典的(classical)或者标准的(metr...
RPKM,FPKM,and TPM RNA-seq标准 我们过去使用RPKM(Reads Per Kilobase Million)或FPKM(...
R实现主成分分析 如何使用prcomp()函数来做PCA 如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图 如何确定每个主成分占多少变动 如何检查载...
为什么要使用PCA 我们使用SVD(singular value decomposition,中文译名“奇异值分解”)的方法来计算PCA。我们先...
ChIP-Seq简介 注意:此StatQuest是基于对RNA-seq的介绍,所以请先观看,除非您已经完全了解RNA-seq。 为了简化,让我们...
RNA-Seq简介 举个例子,现在我们有一群正常的神经细胞,一群突变的神经细胞,突变细胞的行为与正常细胞不同。我们想知道是什么遗传机制造成了这种...
专题公告
作为一名纯生物背景的小白,在简书这个新平台记录自己学习历程。