mosdepth是一个用于计算测序深度的软件使用方法可参考下面这篇文章https://www.jianshu.com/p/6bd56cd8d59...
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改善mosdepth输出结果的python脚本
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将多个样本的vcf文件转化为Phylip输入格式的python脚本在分析变异过滤得到SNP时，一般都会用PHYLIP构建NJ进化树 但是phylip又不能直接把vcf文件作为输入文件，它的输入格式要求如下 第一...
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将Marker与多个物种blast结果输出位CSV文件的python脚本
我们很多Markers通过本地blast比对到多个物种的基因组上，来确定marker在不同物种基因组上的位置，为了方便查看结果，因此我写了一个脚...
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用Python和C语言实现DNA双序列局部比对（Smith-waterman算法）双序列局部比对的算法和全局比对算法的步骤相似，只是赋值规则稍有不同，每个单元格的分值由前面对角线的分值和引入一个空位得到的分值的最大值决定，但是...
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用shell脚本实现转录组测序中 解压>比对-计算基因表达量 一体化
这个脚本需要的软件有：hisat2，SRA-toolkit，samtools，htseq-count 有兴趣的同学可以自己去下载并安装好，记得要...
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用shell脚本实现转录组测序中 解压>质控>比对-计算基因表达量 一体化
其实我一直很纠结RNA-seq到底要不要去掉接头，去掉低质量的碱基，我以前写的脚本是没有去接头和低质量碱基的，刚好有一位朋友问我为什么不去掉接头...
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生物软件安装脚本
写一个安装生物软件的脚本，防止以后换个服务器，或者换电脑，或者重装虚拟机又要自己一个一个去下，直接一步到位。顺便对自己掌握的软件进行总结脚本安装...
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用Python和C语言实现DNA双序列全局比对（Needleman-Wnnsch算法）双序列全局比对主要是依据Needleman-Wnnsch算法来进行 整个过程分为三步1.设置一个矩阵：第一条序列长m,沿x轴排列，第二条序列长n...
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用C语言实现DNA双序列滑动比对DNA双序列滑动比对也是比较简单的一种比对方式算法思想大概如下： 假设有两条DNA序列：ATCGCAG 和ATC，那么进行滑动比对的过程如下1....
专题公告
记录学习中编写的代码
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