WGS - 专题 - 简书

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收录了12篇文章 · 7人关注

从原始芯片.cel数据到权重基因共表达网络(WGCNA)详细流程
看这个之前，可以先看WGCNA的一些理论背景知识[https://www.jianshu.com/p/e102681ec979]看完整个之后可以...

5.6 Y大宽 10 100
生信小工具：Plink之实战演练（2）
继续上次的内容，介绍完Plink与其基本格式后，当然就是到动真格的时候，实战演练，下面会通过例子和小伙伴们一起熟悉Plink的使用。测试数据的...

0.8 lakeseafly 1 9

基因型填充之后如何过滤
比如个体分型率 < 90% 某一个样本测出来的标记小于全部标记的90% 标记分型率 < 90% 某一个标记只在小于90%的样本中存在最小等位...

1.0 TOP生物信息 0 13
用Beagle做基因型填充（Imputation）
在学习基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing（基因定相、单倍体分型），主要是参考公众号碱基矿工中的一篇文章：人类基因组的Phasing原...

3.1 TOP生物信息 9 38
关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤
前言很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第一，过滤到一些低质量的SNP可...

4.8 lakeseafly 11 75
「博客翻译」SNP过滤教程（二）
原文地址: SNP Filtering Tutorial 接「博客翻译」SNP过滤教程（一） FreeBayes输出结果过滤下面的教程假设你的...

2.4 xuzhougeng 0 19
跑通GWAS，用这些脚本就够了
最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下前期准备 1.理论知识强烈...

9.8 rapunzel0103 45 168 2

讨厌又迷人的reads去重复
在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此...

6.8 鹿无为 6 91
ANNOVAR的使用
ANNOVAR的安装 ANNOVAR网址 log in之后才能download，使用教育机构后缀的邮箱即可注册。该测序是用perl语言写的，所...

1.9 面面的徐爷 1 26
WES(全外显子)分析(下)
续WES(全外显子)分析(中) 1. raw vcf filter 1.1 vcf snp过滤 1.2 vcf indel过滤步骤与snp相同...

0.3 dandanwu90 0 4