三维基因组学相关分析 - 专题

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收录了25篇文章 · 24人关注

数据分析实战 | Hi-C数据格式转化
Raw contact to .hic → juicer_tools 软件地址：https://github.com/aidenlab/jui...

0.3 阿狸的窝 4 4 1
文献阅读 | MOCHI:识别基因调控网路中的互作模块
原文链接:Tian D, Zhang R, Zhang Y, Zhu X, Ma J. MOCHI enables discovery of h...

1.0 阿狸的窝 1 2

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci
ggsci是ggplot的主题包，它提供一系列高质量的调色板，其灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的...

2.3 stanford_strive 0 34
RCircos包的使用
参考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/R...

4.2 生信start_site 3 45
Encode数据下载很慢怎么办？
最近我要下200个ChIP-seq的数据，在下载的过程中发现，有的数据下载非常的慢！就像下面这种，我排除了大型机网络的问题，那么我应该咋办。。。...

0.1 liu_ll 2 1
R-下载某一条通路的所有基因名字（KEGG）
实例：如何拿到KEGG数据库中多巴胺通路相关的基因集一、确定目标通路打开KEGG选择pathway，在搜索框前输入物种，框内填入关键词。筛...

4.0 SnowPye 1 41
KEGG数据库：查找某个通路上的所有基因
1.kegg数据库下载通常我们如果已知某个基因，想对这个基因做通路很简单，直接用kegg的网页注释就可以；如果想知道某个通路里相关的所有基因列...

1.5 bio_橡树 3 27

使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据
欢迎关注”生信修炼手册”! 可视化是数据分析中非常重要的一个环节，对于NGS分析数据的可视化，最常用的就是各种基因组浏览器了，既有UCSC, G...

1.5 生信修炼手册 1 11
【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step1
Juicer Tools 简介以及前期处理 Juicer 软件分析流程以及几大模块,如下图所示： JUICER主要分为三个模块 JUICER T...

0.8 XuningFan 0 8
【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step4
我们知道.hic 文件是高度压缩的二进制文件，便于存储和分析。那么如果我们想要从.hic提取某一区域的交互信息的话，该如何操作呢？这就涉及到了j...

0.3 XuningFan 0 4