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Conda工具使用
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Bioconda 安装与使用
个人学习笔记，转载链接如下：作者：Hypdoctor链接：http://www.jianshu.com/p/b42e5d8127db來源：简书著...
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第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异p...
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第8篇：用网页版工具做功能分析和motif分析上一篇介绍了使用ChIPseeker对peaks的分布和邻近基因的注释。除此之外，下游分析通常还包括鉴定我们感兴趣的蛋白质结合的motif；鉴定...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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第6篇：重复样本的处理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少...
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第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC1. 学习目标 讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法 用ChIPQC产生质量统计报告 鉴定低质量数据的来源概览图Additional Qu...
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第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools学习目标： 探讨ChIP-seq数据质量低的来源 理解链交叉相关性（ strand cross-correlation） 使用phantompe...
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第3篇：用MACS2软件call peaks学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak callin...
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如...
专题公告
Seq
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