作者按 最近在准备着换一个职业赛道，所以在做之前所有项目的回溯，遇到了最最基础的SNV+Indel的流程，给别人重新讲了一遍Mutect2的过滤...
投稿
收录了32篇文章 · 10人关注
-
GATK4插件Mutect2参数解析 -
转载|VCF变异统计及绘制染色体分布图
VCF文件的变异分布图，除了使用Circos图之外，统计特定材料间的变异分布情况时可能会用到染色体分布图，为了节省时间，实现统计及绘图的自动化，...
-
群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法
标记过滤指标概念 miss 缺失率，即标记缺失的比例 一般过滤0.1或者0.2；对于简化基因组的也有进行0.5的过滤的，看具体需求了 maf 最...
-
R语言可视化（二十六）：词云图绘制26. 词云图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用wordcloud2包绘制词云图 使用wordcloud2包绘制词云图 使用d3wo...
-
推荐一份生物信息学、群体遗传学入门学习的参考资料在线链接 https://wurmlab.github.io/genomicscourse/2016-SIB/practicals/[https...
-
群体遗传学二-PCA and structure
1.使用GCTA对群体进行PCA分析 相关结果数据见上篇简书 2.使用admixture进行群体的structure分析
-
群体遗传分析方法：LD,FST,eQTL
LD(连锁不平衡):计算使用plink,FST(遗传分化指数):计算使用vcftools,可视化分为箱线图和散点图，单组比较使用在染色体上的散点...
-
GWAS基本分析内容之前给大家大致介绍了GWAS在临床生信分析中的概况，包括一些基本概念，原理和注意事项（出门左手边—>临床生物信息学中的GWAS分析），这次具体讲...
-
annovar注释除人类以外SNP
快速注释已经得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 简单流程 1.建立一文件夹 2. gff3文件转变格式...
-
从fastq到群体结构分析软件及命令行实现
比对分析 bwa 排序，因为后续处理都需要按照基因组顺序进行排序 进行捕获数据的提取和统计 去除重复区域 统计深度信息 建立索引 变异检测 ga...
专题公告
新课题
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1943890/crop1615376620465.jpg', '推荐专题《重测序》（ 分享自 @简书 ）','http://39.103.169.235/c/d6fe7d57e048?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}