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基因组
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    干货|10种重要作物基因组数据库

    上期给大家介绍了NCBI、Ensembl 这2个主流的查找基因组的数据库，其中收录的物种广泛（植物、动物、微生物），是我们查找物种基因组最常用数...

    0.1 百易汇能 0 2
  • 基于orthofinder 结果构建物种树

    串联法 orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，Spe...

    1.3 Bioinfor生信云 1 6
  • 比较基因组分析-数据准备

    比较基因组分析，首先需要选定要比较的物种，然后下载这些物种的基因组数据。 基因组数据准备 数据准备1.基因结构注释文件， gff/gtf格式2....

    1.3 Bioinfor生信云 0 9
  • 物种进化树构建

    使用单拷贝基因画物种进化树 所需软件： 步骤： python 脚本更改物种蛋白序列的ID 2)更改各个物种蛋白库文件的名字，与序列ID的名字前半...

    1.6 生信小白2018 1 20
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    2023-01-09 用GenomicFeatures包计算基因长度

    本文包括内容： 1. 基因长度定义 非冗余外显子(EXON)长度之和;挑选基因的最长转录本 ;选取多个转录本长度的平均值;非冗余 CDS 长度之...

    0.1 森尼啊 0 2
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    【R画图学习22.1】进化树和气泡组合图

    今天学习绘制下面这个paper里面的一个图。 从图中，可以看出，图片分成2个部分，左边是进化树，右边是类似气泡图。 下面我们用一组简单的文件进行...

    3.2 jjjscuedu 0 26
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    基因组survey

    背景 基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体...

    1.2 Bioinfor生信云 0 6
  • 一套比较简便的基因组组装流程V2.0

    之前写过 一套比较简便的基因组组装流程[https://www.jianshu.com/p/a736b1b4b188]，时间快2年了，现在新技术...

    1.7 挖泥种地 0 11
  • 比较基因组学的研究内容

    定义：在基因组序列信息已知的基础上，对已知基因和基因的结构进行比较，了解基因的功能，表达调控机制和物种进化过程（简单来说就是拿组装好的基因组做比...

    1.9 懒猪曼达 0 21
  • 线粒体基因组的组装和注释（MitoFinder ）

    之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。 这里的二代测序数据是全基因组的浅层测序数据，...

    2.6 xiaoxianyu 7 27

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