导读 第一次做宏基因组还是在2018年，现在2021很多软件数据库大更新，这里搭建目前比较受认可的流程，即用Kneaddata（trimmoma...
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shot-gun宏基因组：KneadData质控，Kraken2Bracken物种分类，HUMAnN3功能注释 -
宏基因组测序分析（三）物种组成及丰度估计基于测序数据，使用 kraken2 进行 reads 的物种注释，使用 braken进行丰度估计，之后基于丰度进行物种多样性分析及差异物种分析。...
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samtools，bedtools1 samtools • SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是...
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QUAST评估基因组组装质量QUAST是评估基因组组装质量的常用工具，可计算N50等contig基本信息（without reference），也可通过比对参考基因组计算f...
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组装结果统计及绘图组装结果统计 下面对组装得到fasta 格式基因组序列进行长度、N50 等统计。 使用assembly-stats对组装结果进行统计 下载地址：...
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Kraken2建库及使用
Kraken软件可以通过序列对样本进行物种注释，kraken2在该软件基础之上做了一些更新，其中包括注释的加速、支持氨基酸序列的注释等其他特性。...
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blast主要方法使用总结（Linux）BLAST的主要理念 blast是区段比对，对于给定的两个序列，blast会把具有相似性的片段（hit）找出来，显示的是hit的信息。 Sear...
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