一.研究背景 三阴性乳腺癌(TNBC)临床预后差，而且临床上缺少有效的特异性生物标志物。此外，三阴性乳腺癌具有雌激素受体(ER)、黄体酮受体(P...
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18-IF6+:纯生信分析甲基化和基因表达整合鉴定三阴性乳腺癌的预后标志物和药物靶标
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解析单细胞RNA-Seq Nature文章这是我听孟浩巍知乎Live：生信进阶第1课-重复Nature文章和B站视频：高通量测序技术交流录像里的笔记哦~ 目录：文章的主要结论解读传统RN...
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GEO数据库挖掘—生信技能树B站视频以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍...
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limma 差异分析透彻讲解基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步，edgeR+limma是目前最为推荐的方式。本文结合示例数据，将对这个过程进行梳理，让你明白li...
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一套limma、edgeR的实战【上】刘小泽写于18.10.26今晚10.15开始写，先写这么多吧，明天继续 第一部分 背景介绍 选用GEO数据：GSE63310 从雌性小鼠乳腺中提...
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简单小需求：如何将FPKM转换成TPM？
刘小泽写于19.2.21或许这还是个比较常用的需求 我们做转录组分析，得到的结果可能是FPKM。但是FPKM确实存在不准确性，推荐使用TPM。 ...
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一个看似简单的需求——修改富集分析的dotplot图刘小泽写于2020.2.6最近再一次做起了转录组，但这一次需求有点小改变，需要自己定制一下，具体原因看本文吧。其中要特别表扬花花💏同学，帮了个大...
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那些常用的limma操作刘小泽写于19.12.29 + 2020.1.1这一篇不扯别的，只列我认为比较重点的limma包的知识，所以代码部分可能比较多。但也会用不同的知...
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ChAMP 分析甲基化芯片数据-差异分析下篇
对于甲基化芯片的差异分析，除了有探针水平的差异分析，还有差异甲基化区域DMR分析。 差异甲基化区域的示意图如下： 该图片来自Bumphunter...
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ChAMP分析甲基化芯片数据-差异分析上篇
经过预处理之后的数据，就可以进行差异分析了。对于甲基化芯片而言，有两个方面的差异分析 DMP 差异甲基化探针 DMR 差异甲基化区域 在ChAM...
专题公告
甲基化芯片分析
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