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2. 转录组
20篇文章 · 7301字 · 11人关注
  • 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

    仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用到的索引是...

    0.1 1872 0 3
  • 一文学会常规转录组分析

    数据来源：Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylation predominantly at ...

    2.7 2523 1 18
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    玩转生存分析，这一篇就够了

    1. 导入数据 注意，因为我为了自动补全变量名，使用了attach()。如果没有用这个，像survfit() coxph()这些函数还需要加上d...

    2.2 2212 0 23
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    Stata极简生存分析

    1. 导入数据 2. 将原始数据转换为生存数据 3. KM生存曲线 4. log-rank检验 5. Cox比例风险模型 6. PH假定的检验

    0.1 2531 0 1
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    第一篇SCI

    这是一篇纯生信的3.5分文章，主要涉及的是小RNA: phasiRNA。小麦的基因组前两年才发表，而类似的研究以前在水稻中做过比较多，因此对于做...

    5.2 3964 10 57 1
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    自定义基因集，运行GSEA

    GSEA涉及到很多文件格式，参考：GSEA数据格式。 在《GTEx: 如何找组织特异表达的基因》中，已经讨论了如何求组织特异表达的基因集，这里直...

    1.5 7553 0 14
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    GTEx: 如何找组织特异表达的基因

    官网--https://gtexportal.org/home/数据下载链接--https://gtexportal.org/home/data...

    3.2 6746 1 19
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    small RNA学习（八）：降解组分析

    1. 降解组（测序）是什么？分析原理是什么？ 在植物中，通常miRNA与靶标序列结合紧密，在结合位点的第10/11位碱基处直接剪切mRNA从而调...

    1.5 6702 1 12
  • small RNA学习（七）：小RNA的靶基因预测

    用到的软件是TargetFinder，软件的具体安装见：https://github.com/carringtonlab/TargetFinde...

    0.5 4762 0 4

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