GWAS - 文集 - 简书

GWAS

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Sum of Single Effects Linear Regression (susieR)：多个因果变异位点的鉴定
使用susieR鉴定多个因果变异位点只需要两个输入文件，一个输入文件是包含Zscore值的SNP位点（zscore.txt），另一个文件是LD ...

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GWAS：plink进行meta分析
之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。命令如下所示：输入文件gwas1.plink文...

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基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）的计算
基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）是两个不同的概念。一般而言，通过...

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GWAS：表型的标准化（the normalization of phenotype）
GWAS表型的标准化方法一般有Quantile normalization、Inverse rank normalization、Z-score...

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GWAS：mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS) 分析
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用：通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析，发现更...

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Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析
1、scDRS的计算原理如下所示：图片来源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enric...

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Post-GWAS：LDSC 的 Partitioned Heritability 分析
LDSC 除了可以计算基因多效性、遗传度、遗传相关性[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQz...

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本周最新文献速递20220522
本周最新文献速递20220522 一、精细解读文献一文献题目： Single-nucleus chromatin accessibility...

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本周最新文献速递20220515
本周最新文献速递20220515 一、精细解读文献一文献题目： Multi-ancestry genetic study of type 2...

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