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GWAS
11篇文章 · 3995字 · 3人关注
  • 使用ldsc计算多个性状的遗传相关性和遗传力

    ldsc github[https://github.com/bulik/ldsc] 1. 安装ldsc 2. 开始计算遗传力 需要提前准备好G...

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  • Resize,w 360,h 240
    plink常用的命令总结

    1. 常用的各种格式之间的转换 在获得vcf文件之后，经过过滤和提取SNP的变异之后，获得snp.vcf文件(从fq到vcf这些可以看GTAK4...

    0.8 3651 0 2
  • GWAS分析结果的显著性阈值选择

    绘制曼哈顿图的时候，需要指定一个显著的阈值线常规的阈值是0.05/n或0.01/n。n是基因型的标记数量（snp的数量）。但是因为存在连锁不平衡...

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  • Resize,w 360,h 240
    GWAS的分类

    GWAS，全基因组关联分析 根据使用的表型不同可以分为下面的不同种类的GWAS: 普通的表型（株高、产量、叶夹角、叶面积）：GWAS 使用转录组...

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  • GWAS共定位分析

    共定位的类型包括： GWAS和eQTL[基因的表达数量性状位点]共定位； GWAS和sQTL[剪切]共定位；NC文献[https://www.n...

    1.3 8782 0 10
  • rMVP:一个用于GWAS分析的R包

    rMVP的github[https://github.com/xiaolei-lab/rMVP]rMVP主要是优化内存的使用，使用了多线程，猜测...

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  • 孟德尔随机化分析：用于分析基因和表型之间的相关性

    孟德尔随机化分析（MR）典型实例：大胸女生与不爱运动之间的关系[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA...

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  • GWAS流程

    1. 重新构建遗传图谱 2. 基因型插补——impute2 3. 质量控制 QCTOOL V2 http://www.well.ox.ac.u...

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  • GWAS学习

    学习地址[https://www.jianshu.com/p/53362fe881cd]https://genome.sph.umich.edu...

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