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重测序
13篇文章 · 8449字 · 3人关注
  • BCFtools常规使用

    BCFtools可用于处理VCF和BCF文件；具体可参考BCFtools说明文档[http://samtools.github.io/bcfto...

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  • whatshap: phased SNP

    相关文档： https://whatshap.readthedocs.io/en/latest/guide.html[https://whats...

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  • plink学习笔记

    官方文档学习更详细，轻用力戳此处[http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/input#ped] 1. 基本格...

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  • XP-CLR选择信号

    检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David ...

    1.5 17511 8 18
  • admixture 群体结构分析

    tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于P...

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  • Resize,w 360,h 240
    根据VCF构建进化树

    VCF2Dis[https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis]，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 ...

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  • Resize,w 360,h 240
    群体结构图形——structure堆叠图

    本文来源于基迪奥[https://www.genedenovo.com/news/364.html]推文。 1、structure图的由来 “S...

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  • Resize,w 360,h 240
    plink 进行PCA分析

    当我们进行群体分析时，获得vcf文件后，可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析，现简单介绍 1、软件安装 2、简单操作 本次使用train.v...

    2.3 20167 1 18
  • bcftools call snp

    之前call snp 都是用samtool mpileup 以及bcftools view进行，但是版本更新忒快，故现在可直接使用bcftool...

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