轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前...

今天学习另外一个转录因子活性预测工具：DoRothEA。很多文章用的也是这个工具，看起来比pySCENIC好像快很多。其实，单细胞转录因子分析本...

有时候看单细胞的降维聚类图，图例那里会显示亚群（或者cluster）的标签，有时候可能还有好几个，所以就在想怎么通过ggplot2去添加，当然可...

上面一个帖子，我们已经构建了拟南芥转录因子相关的motif数据库，今天我们随便找了一个拟南芥的例子来看一下，用的是一个叶片的例子。 注释也是粗略...

前面测试了常见的人类和小鼠的数据集，但是我自己是做植物的。如果想要运行pySCENIC，就需要去建立自己的数据库。关于这块网上的资料，我自己也是...

继续跟着大咖们的步伐学习。（https://www.jianshu.com/p/c47332b880aa[https://www.jianshu...

前面我们用自带例子和人类的pbmc数据测试了SCENIC的R版本的安装和使用。但是，通常情况下runGenie3这一步，稍微大一点点的数据集，运...

今天测试另外一个经典的人类pbmc的数据，是一个Seurat的对象。 #加载相关的包 library(SCENIC) library(SCope...

今天开始测试SCENIC的安装，先测试一下R版本的。 先安装一些必要的包。 ## Required BiocManager::install(c...