东汉后期，外戚、宦官专权腐败，连年对西羌的战争，导致徭役兵役繁重，民不聊生。屋漏偏逢连阴雨，东汉末年出现了大规模的瘟疫。
老百姓深感绝望，内心毫无依托的他们就只能把自己交给宗教，希望能够借助神明的力量继续生存下去。恰逢此时，“太平道”出现了。
河北巨鹿张角和另外两个弟弟张宝、张梁发展出了一种新的宗教组织，叫做太平道。
太平道免费给百姓看病，“咒符水以疗病，令病者跪拜首过，或时病愈，众共神而信之”，就是把画了咒的咒符烧成灰，然后泡在水里，给百姓们治病，其中一些人真的病好了，于是招徕了很多信徒。
接下来张角通过组织手段，刻意发展自己的势力，分派他的弟子信徒前往全国各地，诓骗诱导普罗大众加入“太平道”。最终的太平道的信徒就发展到了数十万人，而且这些信徒都十分虔诚，以至于“或弃卖财产、流移奔赴，填塞道路，未至病死者亦以万数。”
他们有领袖、有组织、有信仰，对朝廷有潜在威胁的。
所以在公元183年，当时的司徒杨赐就上疏说，“太平道呈现出不断蔓延扩张的趋势，应该着手各个击破，消除隐患了。“
杨赐的这番建议十分中肯，不仅认识到了张角集团的危险性，而且还提出了可行的解决方案，然而，当时的皇帝汉灵帝的反应居然是“殊不为意”。
很快，张角设置了三十六方，提出“苍天已死，黄天当立”。
公元184年二月，张角自称为天公将军、他的两个弟弟张宝、张梁分别自称为地公将军和人公将军，正式起义了。
汉灵帝连忙召集群臣，商讨解决办法。一个叫皇甫嵩的官员就提议说，“党锢久积，若与黄巾合谋，悔之无救。”汉灵帝接纳提案，大赦党人，并且要求各公卿捐出物资，向朝廷推举众将领的子孙及民间有深明战略的人。
同时，朝廷派遣精兵镇压各地的反叛：
一路由卢植率军和黄巾军当中的张角主力周旋。
一路由皇甫嵩及朱儁各领一军，讨伐颍川附近的黄巾军，东吴势力的初代奠基人孙坚，也受朱儁的招募，参加了此次镇压黄巾军的军事行动。
朝廷的确是派出了镇压反叛的军队，但是双方人数相差太多，黄巾军以绝对的人数优势逼得官军节节败退，很快，官军陷入了士气低落的泥沼当中。
五月被派出去镇压黄巾军的皇甫嵩反而被起义军围困，朝廷眼见形势越来越危急，就又派出去一支援军队伍，这支队伍的领袖就是曹操。
当时起义军“依草结营”，又突然起了大风，皇甫嵩连忙率领军士发起火攻，黄巾军未曾想到被围困的官军还有反击的余力，因此几乎没有防备，这下一来轮到他们惊乱溃逃了。
恰逢此时曹操率领的另一支官军赶到，两股官军汇合后，士气大涨，大破敌军，斩首数万。这一仗可以说是黄巾起义的转折，从此之后，胜利的天平逐渐向官军倾斜。
六月，东汉中央政府派出的几支队伍都取得了一定规模的胜利，其中，皇甫嵩、朱儁等人继续追击黄巾军，孙坚也很好的打了配合战，阻挡溃逃的黄巾军进入宛城，而在主战场上，卢植也多次大破张角，斩杀敌军数万人。
但是就在形势逐渐变好的时候，剧情出现了反转。
当时汉灵帝派遣宦官左丰到前线视察军情，左丰的品性很不好。有人私下里劝卢植，让他贿赂贿赂左丰，免得左丰回到洛阳说卢植的坏话。
卢植不以为意，他是个十分正派的人，再者他在前线也表现得非常出色，因此就拒绝了这个建议，并没有给左丰什么好处。
结果左丰回到洛阳后，果然恶意诬陷卢植，说“广宗贼易破耳，卢中郎固垒息军，以待天诛”，意思就是说，敌军简直不堪一击，太容易打败了，但是卢植可倒好，就是固守不出，依我看，他这是等着上天来诛杀贼军呢。
汉灵帝听信谗言，认为卢植作战不力，下令直接用囚车把卢植押回来，并且判罪。
卢植被押回洛阳的同时，朝廷另派董卓作为官军统帅，继续进攻黄巾军主力。董卓的军事才能远不如卢植，所以围攻张角两个多月，仍然没有立下任何战功，后来董卓甚至还在曲阳（今河北晋县西北）被张角击败，但董卓远不像卢植那么刚正不阿，为了躲避惩罚，他免职抵罪。
在战场上立下巨大战功的卢植因为宦官的谗言而险些被处死，而在战场上节节败退的董卓却可以免职抵罪，不受任何惩罚。汉灵帝的昏聩和东汉政治的混乱由此可见一斑。
从公元184年二月起事，到十一月张宝被杀，这场波及东汉绝大多数州郡的黄巾起义维持了不到一年就被快速镇压。
然而在战争之中暴露出来的皇帝昏聩、政治混乱等问题，都使得这个王朝更加快速的走向分裂，而在镇压黄巾过程中成长起来的各大军阀势力（孙权、曹操等），无疑也加速了这一分裂的过程。
